Research Objects para una Ciencia Abierta

Los objetos de investigación o Research Objects (ROs)
pueden ser definidos como agregaciones semánticas de recursos
científicos relacionados, sus anotaciones, así como el contexto de
investigación en el que fueron creados o usados. Su objetivo es
proporcionar a los investigadores un medio para incorporar y referirse
a todos los materiales con lo que se trabaja durante el proceso de una
investigación, desde el diseño de los experimentos hasta la
publicación de resultados. El modelo RO, implementado mediante una
red de ontologías, provee los medios para capturar y describir estas
agregaciones, la traza de su procedencia y su ciclo de vida,
facilitando así la reusabilidad, reproducibilidad y mejor
comprensión de las investigaciones científicas. Asimismo, los
research objects proveen el medio para la publicación, citación y
transferencia de todos los materiales asociados a una investigación,
incluyendo datos y métodos, como una sola unidad de información.
Estas características convierten a los research objects en
instrumentos de fomento hacia una ciencia abierta.

Hemos creado el sitio web ResearchObject.org para proporcionar
información sobre el modelo RO (incluyendo las ontologías y ejemplos
de uso), guías prácticas sobre el uso del modelo, enlaces y
descripciones de herramientas que se pueden utilizar para gestionar
research objects (ROHub, myExperiment, rohub.linkeddata.es, Latex2RO,
etc.) y planes de gestión de research objects para proyectos
científicos, siguiendo las buenas prácticas aplicadas en el Reino
Unido para la gestión de datos de investigación.

ROHub, por ejemplo, es un sistema de librería digital para la
gestión de research objects que permite su almacenamiento,
intercambio, evolución y preservación. Además de una interfaz web,
ROHub provee un conjunto de RESTful APIs que definen recursos y sus
representaciones de acuerdo con el modelo RO y que exponen diferente
funcionalidad y posibilidades de extensión. Por lo tanto, ROHub puede
actuar como un backend completo no solo para científicos e
investigadores sino que también para bibliotecarios y potencialmente
cualquier otra comunidad interesada en la agregación de fuentes de
datos heterogéneas acorde con las mejores practicas en librerías
digitales.

Las funcionalidades de ROHub permiten no solo el intercambio de
resultados de investigaciones científicas a través de research
objects, sino que proveen los medios para crear y mantener research
objects que cumplan con ciertos requisitos necesarios para su correcta
interpretación y reproducción en el futuro, promoviendo el
conocimiento abierto y transparencia de resultados. Por ejemplo,
durante la creación de un research object, ROHub permite a los
usuarios visualizar su conformidad respecto a cierto requisitos
predefinidos, proveyendo una guía durante el proceso de creación.
Los usuarios también pueden generar “snapshots” del research
object para reflejar su estado en un momento determinado. Estos
“snapshots” pueden ser útiles, por ejemplo, para compartir la
versión actual de los resultados con supervisores o colaboradores,
enviarlos para un “peer review”, o para citarlos y reconocerlos.
Cuando la investigación concluye, los usuarios pueden crear un
“archive” para la publicación y preservación de resultados.
ROHub permite agregar diferentes tipos de recursos, incluyendo enlaces
a recursos externos y RO bundles, que son recursos estructurados en
formato ZIP que representan research objects auto contenidos para
facilitar la transferencia e integración con herramientas de
terceros. Por ejemplo, Taverna puede exportar la traza de ejecución
de un workflow en un RO bundle. Al agregar un RO bundle a un research
object en ROHub, este es desempaquetado en un research object anidado,
exponiendo todo su contenido y anotaciones. Como resultado, los
usuarios pueden navegar a través de las entradas, salidas y valores
intermedios de la ejecución, algo que puede ser potencialmente útil
para su reproducción futura. Adicionalmente, ROHub provee un SPARQL
endpoint para la publicación de datos abiertos en formato de linked
data.

La contribución del concepto de research object al Open Science
mediante herramientas como ROHub está en auge entre un número
creciente de comunidades científicas, entre las que podemos destacar
casos como los de Astronomía y Biología, que participaron
activamente en el diseño de los modelos de representación de
research objects y de las funcionalidades incorporadas a ROHub.
Actualmente ROHub contiene alrededor de 1200 research objects
producidos por varias comunidades científicas, un número que hasta
el momento ha ido en constante aumento.

Asimismo, el concepto de research object ha adquirido inercia en las
distintas comunidades científicas en muy poco tiempo. Un ejemplo de
impacto en la comunidad es el community group del W3C “Research
Objects for Scholarly Communications” (ROSC,
http://www.w3.org/community/rosc), recientemente creado con el
objetivo de establecer nuevos modelos de publicación científica
basados en research objects que permitan mayor transparencia sobre los
resultados publicados y el acceso abierto a los avances científicos
por parte de los miembros de la comunidad. Otros ejemplos de
estándares en los que los research objects han permeado incluyen
recomendaciones sobre modos de incorporación de materiales y
evidencias en publicaciones científicas, como NISO/NFAIS
(http://www.niso.org/workrooms/supplemental), y estándares sobre la
representación de la cadena de transformación de datos en
experimentos científicos y en la web, como el W3C PROV
(http://www.w3.org/TR/prov-o).

Instituciones científicas como la International Virtual Observatory
Alliance (IVOA, http://www.ivoa.net) o el National BioInformatics
Centre holandés (NBIC, http://www.nbic.nl) han canalizado estos
avances hacia los respectivos miembros de sus comunidades, que día a
día incorporan la noción de research objects y herramientas para su
gestión como el ROHub en sus prácticas habituales. Este impacto en
Open Science se extiende al sector de las publicaciones, especialmente
interesadas en políticas de Open Access. Revistas científicas de
prestigio como Nature (http://www.nature.com) y editores como Elsevier
(http://www.elsevier.com) han expresado su interés. Y, de hecho, este
interés ya se ha traducido en uso y aplicación real por parte de
revistas como Gigascience (http://www.gigasciencejournal.com) y
editores como la American Psychological Association (APA,
http://www.apa.org). De hecho, esta colaboración con el mundo
editorial está generando oportunidades de negocio reales basadas en
nuevos modelos de negocio alrededor del Open Access en publicaciones
científicas.

Para más información: http://www.researchobject.org/ y
http://www.wf4ever-project.org/

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